Universitas Sanata Dharma merupakan perkembangan dari Perguruan Tinggi Pendidikan Guru (PTPG) yang didirikan pada tanggal 5 Desember 1955. Pada bulan Nopember 1958, PTPG Sanata Dharma berubah menjadi Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP) Sanata Dharma yang pada tanggal 6 April 1961 mendapat status disamakan dengan SK Menteri PTIP No. 1/1961 (tanggal 6 Mei 1961), Jo. SK No. 77/1962 (tanggal 11 Juli 1962). Dalam perkembangannya, pada tanggal 1 September 1965, sesuai dengan ketentuan Pemerintah, FKIP Sanata Dharma berubah menjadi Institut Keguruan dan Ilmu Pendidikan (IKIP) Sanata Dharma.

Pada awal tahun 1990-an, para pembuat kebijakan mengambil keputusan untuk mengubah status IKIP Sanata Dharma menjadi Universitas. Tujuan perubahan tersebut agar Sanata Dharma mampu menghasilkan lulusan yang handal yakni guru yang ilmuwan dan ilmuwan yang guru. Pada tahun 1993, dengan upaya yang gigih, IKIP Sanata Dharma berubah statusnya menjadi Universitas Sanata Dharma berdasar SK Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor 48/D/0/1993, dan mulai menerima mahasiswa baru pada tahun akademik 1993/1994

Program Studi (Prodi ) Sejarah, Jurusan  Sejarah, Fakultas Sastra, didirikan pada tahun 1993, bersamaan dengan perubahan IKIP Sanata Dharma menjadi Universitas Sanata Dharma. Pembukaan Prodi Ilmu Sejarah pada Fakultas Sastra berdasarkan SK Menteri  Pendidikan  dan  Kebudayaan Republik  Indonesia  Nomor  48/D/0/1993  dan mulai menerima mahasiswa baru pada tahun akademik 1993/1994. Tujuan pendirian Prodi   Ilmu  Sejarah   yakni   menyelenggarakan   pendidikan   yang   mengembangkan kemampuan untuk secara kritis merekonstruksi dan memaknai masa lampau, serta menemukan relevansinya bagi bangsa Indonesia pada masa sekarang dan masa depan. Prodi Ilmu Sejarah semula berstatus terdaftar berdasar surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI N0. 48/D/0/1993 tertanggal 26 April 1993. Dalam perkembangannya,  berkat kerja  keras  seluruh  dosen  di  bawah  koordinasi  Ketua program  studi Dr.  P.J.  Soewarno,  S.H.,  Prodi  Ilmu Sejarah  yang  semula  berstatus terdaftar  berubah  statusnya  menjadi  terakreditasi  dengan  nilai  B, berdasar  Surat Keputusan Badan Akreditasi Nasional Nomor 023/BAN-PT/Ak-IV/VI/IX/2000 tertanggal 14 September 2000. Pada tahun 2003, melalui Surat Keputusan Direktorat Jendral Pendidikan Tinggi Nomor 2053/D/T/2003, Prodi Ilmu Sejarah memperoleh perpanjangan ijin  penyelenggaraan yang berlaku selama  4  tahun  terhitung  mulai tanggal 19 Agustus 2003, dan mendapat perpanjangan ijin penyelenggaraan lagi hingga tanggal  19  Agustus  2011  berdasarkan  Surat  Dikti  No.  92/D/T/2008.  Berdasarkan Permendikbud No. 154 Tahun 2014, tentang nomenklatur nama program studi dan gelar, nama Prodi Ilmu Sejarah berubah menjadi Prodi Sejarah dan gelar sarjana S-1 sejarah yakni S.Sej.

Pada masa-masa awal, seluruh dosen tetap Prodi Sejarah bekerja keras dalam mendirikan dan mengembangkan Prodi Sejarah. Dosen-dosen Prodi Sejarah tersebut adalah, Prof. Dr. P.J. Soewarno, S.H (Ϯ); Drs. G. Moedjanto, M.A (Ϯ); Drs. Ign. Sandiwan Suharso; Dr. Lucia Juningsih, M.Hum; Dr. H. Purwanto, M.A; Dr. Anton Haryono, M.Hum; Drs. Silverio R.L. Aji Sampurna, M.Hum; dan Drs. Hb.Hery Santosa, M.Hum.

Selama 22 tahun, secara bergantian Prodi Sejarah dipimpin oleh Kaprodi, yang nama-namanya dapat dilihat pada Tabel berikut:

Nama-nama Ketua Program Studi Sejarah

Sejak pendirian hingga tahun 2015 Prodi Sejarah mengalami pasang surut. Pada awal pendirian, yakni tahun 1993 Program Studi Sejarah belum banyak diminati. Dalam perkembangannya, secara perlahan-lahan Prodi Sejarah mulai banyak diminati oleh masyarakat. Hal ini dapat dilihat dari jumlah mahasiswa Prodi Sejarah yang cenderung mengalami peningkatan. Selama rentang waktu 22 tahun, Prodi Sejarah telah menerima mahasiswa sebanyak 262 orang dan meluluskan mahasiswa sebanyak 105 orang. Kebanyakan lulusan prodi sejarah telah bekerja, ada di antaranya yang bekerja sebagai peneliti, penulis, guru, dll.